（2）附表二：
　　非辅导期企业：本期认证相符的全部防伪税控发票份数、金额、税额填写在第35栏，本期认证相符且本期申报抵扣的发票份数、金额、税额填写在第2栏，第2栏小于等于第35栏。当月认证的发票必须当月申报抵扣，在国税局一窗式服务中第35栏的数据会和您当月认证的进项数据比对。
　　辅导期企业：本期认证相符的全部防伪税控发票份数、金额、税额填写在第35栏，期初认证相符但未申报抵扣的发票份数、金额、税额填写在第23栏，期末相符但未申报抵扣的发票份数、金额、税额填写在第25栏，当月认证的发票下月申报抵扣。
（3）附表一：第一栏填写当月销项正数票减去销项负数票的份数、金额、税额，不包括作废的发票。税额仍然可以上下调整5角钱。此栏数据会和您的当月IC卡抄税数据相比对。
（4）主表：如果第25栏是正数那么30栏一定要填写和25栏一样的数字
（5）四小票清单的填写支持在线和离线两种形式。在线方式的填写和以前版本的填写方法一样；离线方式的填写主要是为四小票清单较多的用户带来方便操作如下：
　　a、先上网进入网上申报打开四小票管理选择并打开一个清单之后（如：增值税运输发票抵扣清单）这时你可以断网填写清单，写好之后你必须点清单页面下方的保存本地按钮
　　b、在出现下面的页面中你可以选择保存在什么地方，然后在“文件名”中输入文件名，然后点“保存”按钮
　　c、然后在您选择保存的地方你会找到一个您命名的文件
　　d、这时您可以重新上网并打开四小票管理打开刚才选择的清单之后（如：增值税运输发票抵扣清单）点读取本地这时找到您刚才您保存的文件然后点“打开”这时你刚才断网填写的清单就会完整的恢复到此时的清单中。
2、报表上传流程
　 主要表现为每张报表在填完并检查无误后即申报。具体为：有免抵退的先传免抵退,没有则不传，有四小票清单的先填先申报，没有则不填不申报，然后填写并申报附表一、二、资产负债表、损益表，等这些表都正确申报了再最后申报增值税申报表主表。注：在增值税申报表主表未申报之前所有的附表都可以修改重新申报。
3、申报结果查询
　 数据提交后，您可以对您的申报结果进行查询，点击页面左列菜单中的申报情况然后选择你的申报类型点击申报情况按钮进行申报结果的查看。
　 结果通常有三种：1、申报成功；2、申报失败；3、服务器正在处理之中。
　 如果是服务器正在处理之中请您稍等15分钟左右再看，或者您也可以先关闭网站以后再看。
辅导期增值税一般纳税人：
　 和一般纳税人的区别在于附表二不同主要表现为：当期认证的发票当期不好抵扣要下月抵扣，当期认证的发票份数、金额、税额填在第２５和３５栏，上期认证且本期可以抵扣的部分填在第２３栏。企业当月取得的四小票当月先填清单先申报，等下月在收到的稽核通知书中如有此清单数据则填写在税务机关反馈中当月税务机关提供的稽核相符数对应栏次。然后点申报。
小规模纳税人：